Für die einflussreiche Position wählte von der Leyen Pieper, die wie sie Mitglied der Christdemokraten Deutschlands (CDU) ist. Abgeordnete des Europäischen Parlaments, Kollegen der Europäischen Kommission oder der Organisation Transparency International vermuten, dass die EU-Präsidentin ihre Kollegin im Auswahlverfahren bevorzugt hat, und fordern eine Erklärung.

Den Medien zufolge erwies sich Dlabajová beim Vorsprechen als beste Kandidatin. Aufgrund dieser Empfehlungen und anschließender Interviews wurde sie vom EU-Kommissar für den Binnenmarkt, Thierry Breton, für die Position nominiert. Der Europaabgeordnete Pieper wurde hinter der Schwedin Anna Stellinger Dritter, aber von der Leyen entschied sich für ihn. Kritiker bezeichneten das Vorgehen als Machtspiel von der Leyens mit dem Ziel, deutsche Unterstützung für die Wahl eines neuen Kommissionschefs zu gewinnen.

Nach der Ankündigung von Piepers Rücktritt erklärte von der Leyens Sprecherin: „Der Präsident respektiert und bedauert die Entscheidung von Markus Pieper, nicht wie geplant am 16. April das Amt des Mittelstandskommissars zu übernehmen.“

Nach Angaben der DPA-Agentur wird es nun ein neues Auswahlverfahren für die Position geben, das jedoch erst nach den Wahlen zum Europäischen Parlament beginnen wird, die vom 6. bis 9. Juni stattfinden.

Von der Leyen ist die Kandidatin der Europäischen Volkspartei (EVP) für die Wiederwahl als Chefin der Europäischen Kommission. Die Kontroverse um Piepers Ernennung schwächt sie politisch.